El Comando de Apoyo fue creado mediante Orden General No. 35 del 15 de octubre de 1965, por disposición del entonces Jefe de Estado Mayor, General de Brig. Juan de los Santos Céspedes, FAD, con el nombre de Comando de Apoyo de Combate. Cambia de nombre en 1979 a Comando de Apoyo mediante Orden General No. 49. El Comando de Apoyo, como su nombre lo indica, brinda apoyo a los demás comandos en la ejecución de los trabajos. Es el más numeroso de la institución y está compuesto por un Cuartel General y los Escuadrones de: Transportación, Abastecimiento, Mantenimiento de Base, Material Bélico y Comunicaciones.
El Cuartel General, por su parte, está integrado por una Oficina de Administración, Comedor para Oficiales, Comedor para Alistados, Pizzería- Heladería, Barberías para Oficiales y Alistados, Lavandería, sus tareas específicas de este escuadrón son: Prepararle las raciones que se les sirve al personal de la Base Aérea, mantener un control administrativo del control y suministro de propiedades, así de las incidencias del personal, recortar el pelo a todos los miembros que se encuentran en el recinto, suministro de agua potable, lavar y planchar los uniformes del personal, y proporcionarle un ambiente de recreación a los miembros de la institución, así como a sus familiares y relacionados.
El Escuadrón de Mantenimiento de Base cuenta con un equipo de profesionales y técnicos en diferentes áreas, quienes con su capacidad y dedicación al trabajo, hacen posible el cumplimiento de su misión, que es darle mantenimiento a las instalaciones de la institución, llevar a cabo las nuevas edificaciones que se realizan y embellecer las áreas verdes de la FAD. Esta organización está compuesta por la Rama de Ingeniería, el cual está integrado por la Sección de Proyectos, Cálculos y Presupuestos, Sección de Mantenimiento de Carreteras y Pistas, Rama de Mantenimiento y Servicios de Base, la cual con sus Secciones y Talleres da apoyo a la Rama de Ingeniería. Está formada por las Secciones de Plomería, Caldera, Albañilería, Carpintería, Soldadura, Taller de Mecánica de equipos pesados, Taller de Reparaciones de equipos de oficina, Taller de Pintura, Taller de Refrigeración, Bomba de Agua, Planta Eléctrica, Rama de Facilidades con sus Secciones de Foresta y Agronomía y Fábrica de Blocks.
El mantenimiento y embellecimiento de las áreas de la Base Aérea y sus áreas circundantes son realizados por un personal debidamente capacitado que cuenta con el apoyo de un gran número de equipos mecánicos. Además, es la Encargada del suministro de agua potable a través de un Sistema de Bombeo de Relevo a todas las redes de la Base Aérea de San Isidro y sus barrios residenciales; responsables también del alumbrado y suministro de energía eléctrica a través de la C.D.E., o las Plantas Auxiliares de esta institución. Cabe mencionar que esta organización da apoyo Técnico y de personal permanente a otras instituciones de las Fuerzas Armadas, del Estado y Sociales, esto último dentro del Plan de Acción Cívica que lleva a cabo la FAD.
EL ESCUADRÓN DE COMUNICACIONES
Fundado el 15 de septiembre de 1962, donde actualmente se encuentra la Dirección de Informática y Estadística, mediante Orden General No.7-1962, del Jefe de Estado Mayor FAD, siendo su fundador mentor y guía el extinto General de Brig. Téc de Av. (R) Máximo A. Genao Fernández, FAD, tal motivo y en homenaje póstumo este Escuadrón lleva su nombre. Esta Organización está compuesta por los departamentos siguientes: Central de Radio, cuya misión es mantener la comunicación con todas las instalaciones Castrenses y la P.N., con los diferentes Destacamentos de esta FAD, así como con las pistas de aterrizajes del país; recibir y transmitir mensajes militares a los distintos puntos de la República.
SISTEMA SITFAA
Su misión es mantener comunicaciones con los países del Sistema de Información y Comunicaciones, su objetivo principal es proporcionar comunicación entre la Fuerza Aérea Dominicana con las demás Fuerzas Aéreas del Continente Americano, Jefes de Operaciones, de Inteligencias y Aeronaves Militares de los (18) países integrantes del (SICOFAA). También ofrece tráfico de mensajes y datos relacionados con la Aeronáutica, como son la coordinación de búsqueda y salvamentos, Meteorología y coordinación en condiciones de desastre y emergencias, entre otros.
TALLER DE MANTENIMIENTO DE EQUIPOS TERRESTRE
Su misión es reparar y dar mantenimiento a todos los equipos de comunicaciones terrestres, repetidores de radios y enlaces para los mismos.
CENTRAL TELEFÓNICA
Su misión es recibir y transmitir todas las llamadas telefónicas realizadas a esta Base Aérea, así como reparar y dar mantenimiento a todos los teléfonos de la FAD.
ESCUADRON DE ABASTECIMIENTO
Este fue fundado el 1ro. de julio de 1964, mediante Orden General No. 43 del Jefe de Estado Mayor, FAD, sustituyendo lo que para entonces era la Intendencia de Abastecimiento Aéreo. Este Escuadrón cumple con las funciones de adquirir los repuestos, equipos y maquinarias, propiedades de 1ra y 2da. clase, combustible, lubricantes y materiales gastables, para clasificarlos, almacenarlos y distribuirlos a las diferentes compañías de la institución, para que éstas puedan llevar a cabo sus diferentes misiones. Desde su fundación el Escuadrón de Abastecimiento estaba dividido en (10) diez ramas, de las cuales algunas han desaparecido y otras se han agregado; en la actualidad contamos con un organigrama estructurado diferente al establecido inicialmente cuya composición detallamos a continuación: Oficial de Abastecimiento, Comandante del Escuadrón: Recibo y Clasificación, Recibo Aéreo Almacenes o Depósitos Rama de Combustibles y Lubricantes, Tienda de Propiedad de Ira. Clase, Tienda de Propiedad de 2da Clase, Contabilidad Militar o Equipo de Base.
SECCIÓN F.M.S.
Su función es preparar pedidos al extranjero mediante requisiciones para apoyo de repuestos y equipos. La Dirección de la Banda de Música FAD, dependencia directa del Comando de Apoyo de Servicios, FAD está compuesta por un personal de gran experiencia en el arte musical, está integrada por una Banda de Música, una orquesta, un Conjunto Especial de Cuerdas y el Conjunto Típico. Su misión es izar y arriar la Bandera, acompañar las tropas en los desfiles militares, amenizar las fiestas que realiza la institución, así como miembros de la institución, además le brinda diferentes servicios a instituciones y personas de la clase civil, siempre que esté autorizada por el alto mando.